脊椎动物亚门——哺乳纲——兽亚纲(Theria)——真兽次亚纲(Eutheria
最早的马出现于距今5000万年前的始新世早期，称为始祖马。始祖马的个体小，只有现代狐狸那么大；头骨原始，颊齿的齿冠低；四肢细长，前脚四肢，后脚三趾。始祖马生活于森林，摄食植物幼嫩的枝叶。这类始新世早期的马，广泛分布于洲和欧洲，在我国广东南雄盆地也有发现。
随着始新世早期的结束，始祖马在东半球上便了。从那时起，马的进化便只限于洲。以后在其他上发现的马类，都是从洲迁移过去的。
由始祖马演化产生的间马于洲的渐新世早期，因此又称渐新马。间马的个体较始祖马大，其大小如现代的小羊；前、后脚均变为三趾，中趾明显增大，但三个脚趾均着地；颊齿的齿冠仍然比较低。这时的马仍以嫩枝嫩叶为食。
到渐新世中、晚期，间马进一步演化产生了中新马。到了中新世，由于的多样化，特别是成片草地的出现，马类的进化由早期的单线前进（既由始祖马——）渐新马——〉中新马）变为分支发展：第一支为中新世的太古马；第二支为中新世和上新世的安琪马；第三支为中新世的草原古马。其中，第一支和第二支是比较保守的侧支，第三支才是主干，由它演化产生了中新世以后的马。
中新世时的草原古马，身体已增至现代的小马那么大，脚虽然仍三趾，但侧趾已经退化到很少起作用，主要靠中趾着地行走，能够在硬地上快速奔跑。由于食性的改变，既有早先食嫩枝嫩叶变为摄食纤维素含量多的坚韧小草，草原古马牙齿的齿冠增高，咀嚼面扩大。
在中新世结束时，由草原古马分化产生了三趾马和上新马。其中的三趾马是比较保守的一支，脚仍然为三趾；上新马则是比较进化的一支，脚已变为单趾（仅种趾发达），两侧的侧趾已经退化到仅剩痕迹。
到了上新世末期，上新马又进一步分化产生了南美马和现代分类学上的马。南美马在更新世曾经于南美洲，于更新世末期了，因此，在当今地球上的马、斑马和驴在分类学上都归于马属。据研究，马属的马最初是起源于洲的，在更新世初期迁移到了其他,成为一种世界性分布的马。
纵观马的进步，由始新世初期到现代，马类的形态结构和生活习性都发生了有规律的变化，主要表现为：①个体由小到大；②腿和脚伸长，脚趾由最初的四趾变为三趾，最后变为单趾；③面部变长，前臼齿臼齿化，齿冠由低变高；④生活由森林扩展到草原，由脚踩软地到适于在硬地上奔跑，由摄食嫩枝嫩叶到咀嚼干、鲜小草。
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